ראשית אבחנה מדויקת גם לגבי נוכחות מוקדי אנדומטריוזיס ודרגת חומרת המחלה. שיפור התסמינים, הפרדת הידבקויות צריבת המוקדים, שיקום האנטומיה והוצאת הציסטות השחלתיות. ישנן עדויות כי נשים אשר עברו ניתוח לפרוסקופי בשלב מוקדם הרו בשיעור גבוה יותר מנשים אשר לא נותחו, עם זאת יש לזכור כי מדובר בניתוח בדרגת קושי גבוה הדורש מיומנות גבוהה ואפשרות לסיבוכים כגון פגיעה באברים שכנים לכן מוצע כשלב שני ומבוצע ע"י מומחים בתחום.
לשם קביעת הטיפול המיטבי יש צורך במרפאה מייעצת רב תחומית אשר משלבת מומחי פריון יחד עם מומחים לכירורגיה אנדוסקופית יחד עם מומחים מתחומים נוספות כגון, מומחים ממרפאת כאב, כירורגים כללים ואנדוקרינולוגיים.